El Estado Colombiano a través del Art. 246 de la Constitución política, se  reconoce la Autonomía de los pueblos indígenas del territorio Colombiano facultándolos de poder implementar sus ordenes políticos, económicos y culturales con la finalidad de proteger su identidad Cultural, pero dicha autonomía no es absoluta pues la Corte Constitucional ha interpuesto unos limites a sus costumbres en defensa de los derechos del menor, teniendo en cuenta que los derechos del menor priman sobre la identidad étnica y protección a la autonomía de los pueblos indígenas.

Al permitirle el Autogobierno, autodeterminación y administración de justicia al pueblo indígena para evitar contradicciones y abuso a sus facultades, la Jurisprudencia Constitucional ha establecido unos limitantes que deben ser acogidos por todos, inclusive las comunidades étnicas, debido a que son considerados intangibles y de carácter universal, tales como: la vida, la prohibición de la esclavitud, la tortura, el respeto al mínimo de legalidad del procedimiento y en materia penal, la legalidad de los delitos y las penas.

Adicionalmente, respecto al interes superior del menor, la Jurisprudencia Constitucional ha establecido que En este ámbito se debe observar el principio proinfans que consiste en la prevalencia de los derechos de los niños sobre los derechos de los demás. Sin embargo, cuando la jurisdicción indígena o la misma comunidad viola los contenidos esenciales que forman parte de las restricciones de la jurisdicción indígena, se puede tutelar por parte de la jurisdicción nacional los derechos de los niños indígenas, ya que estos conservan sus derechos individuales que no pueden ser negados por la colectividad.

En conclusión, En todas las medidas concernientes a los niños que tomen las instituciones públicas o privadas de bienestar social, los tribunales, las autoridades administrativas o los órganos legislativos, una consideración primordial a que se atenderá será el interés superior del niño. Este principio tiene expresa consagración en el artículo 44 de la Constitución, cuyo último inciso señala que los derechos de los niños prevalecen sobre los derechos de los demás